В 2007 г. организована и функционирует на базе Республиканского Перинатального Центра медико-генетическая консультация, которая проводит неонатальный скрининг новорожденных на фенилкетонурию, врожденный гипотиреоз, адреногенитальный синдром, галактоземию и муковисцидоз.

Дооснащена аппаратами УЗИ, рентгенологическим и эндоскопическим оборудованием Черкесская городская детская больница.

В педиатрических отделениях Карачаево-Черкесской республиканской клинической больницы и Республиканской инфекционной больницы функционируют отделения типа «Матери и дитя».

В системе профилактики заболеваний у детей используются новые технологии, в частности в системе профилактических осмотров детей, построенных на принципах сканирующей диагностики, решающей задачи первого этапа диспансеризации детей. Таковым является автоматизированная система, «АКДО-ДИСПАН» установленная в Черкесской городской детской больнице в 2002 году.

По всем «управляемым» инфекциям обеспечен высокий уровень своевременного охвата профилактическими прививками детей декретированных возрастов до 97,4-99,7%.

В целях улучшения оказания специализированной медицинской помощи детям республики рассматривается вопрос о строительстве республиканской многопрофильной детской больницы с мощностью 350-400 коек, в том числе с отделением «Матери и дитя», с консультативной поликлиникой и оргметодотделом для работы с районами республики.